La SUBDERE fomenta y apoya el fortalecimiento de la institucionalidad municipal, de manera de facilitar la coordinación de los servicios públicos con los municipios y entre éstos. También administra el Fondo Común Municipal (FCM), colabora con la gestión territorial de los municipios mediante el Programa de Mejoramiento Urbano (PMU), manteniendo la cobertura de los planes de empleo municipal. Asimismo, administra el Sistema Nacional de Información Municipal (SINIM).